Ich kann das eigentlich nach meinen Erfahrungen nicht bestätigen. Wenn ein MPEG schon mit gemuxtem Ton (also auch als MPEG) für DVD gerendert wurde, dann nimmt sich DVD Architect eigentlich immer den MPEG-Ton, der im Video enthalten ist, und ignoriert, was sonst noch mit dazu gepackt wurde (auch wenn's namensgleich ist). Das ist bei mir bei Blu-ray- und PAL-DVD-Projekten gleich.
Aber wie Vidfan oben schon schrieb, ist es für eine DVD-Herstellung grundsätzlich keine empfehlenswerte Vorgehensweise, den Ton schon gemuxt im Video zu rendern. Video und Audio sollten für die DVD- und Blu-ray-Herstellung grundsätzlich immer getrennt gerendert werden, somit Video
ohne Ton, am besten auf Basis einer der für DVD Architect vorgesehenen Presets. Dann (und eigentlich auch nur dann) nimmt sich DVD Architect automatisch das getrennt als PCM oder AC3 angelieferte Audio (gleicher Namen und gleicher Ordner als Speicherort vorausgesetzt).

Glückwunsch